有些人认为转基因违背自然，可能是基于两种模糊但错误的认识，一是认为物种的基因是不能动的，二是认为“转基因是跨物种的基因转移”，突破了生物屏障，听起来很可怕。

　　从进化的常识来说，生物基因的改变在自然界中非常普遍，这是生物能适应自然选择的基础，也正是有基因的改变，才有了生物的多样性。

　　但另一方面，不同生物确实有生物屏障，基因携带着生物体的遗传信息，如果不同生物间的基因能很容易进行“转移”“交流”，那生物界岂不是乱了套?转基因其实并未改变“生物屏障”这一根本现象，因为转基因在进行操作时，先要对功能基因(即供体基因)进行复杂的修饰，将其改造成适应植物基因组的结构和属性——就好比要在两个不同的电脑操作系统中拷文件，要先将文件的语言、格式进行调整，否则拷过去也识别不了，可能是个废文件。

　　2015年《美国国家科学院院刊》发表了一项研究：全球各地的291种红薯品种中都含有农杆菌的基因，也正为农杆菌的侵入，红薯的根块才膨大，变成了适合人类的食物。而科学家进行转基因操作的一个重要手段就是借助农杆菌侵染，因此可以说，“转基因”是自然界早已发生的现象。但要注意，虽然农杆菌可以侵入多达数百种植物，但侵入后它的基因能在这种植物中驻扎并繁衍起来的，目前还只有红薯，也可见“转基因”并不容易，不同物种间的“基因转移”并非可以轻易发生，完全不用恐慌。

　　农杆菌侵染红薯，是经过了上千万年的“碰运气”，而人为的转基因，则要经过复杂调整、测试，其中失败的也是多数，转基因能做成，恰恰是符合了生物学的规律：即基因在目标作物里良好表达的条件都具备了，否则即使“转了基因”，那个基因也不会产生作用。新的转基因作物只是新增或改变了一个或几个基因，而作物本来有上万个基因，转基因并没有改变作物整体的属性(只是多了一种“技能”)，它原有的生物屏障也仍然在发挥作用。