农业转基因生物安全评价管理分为实验研究、中间试验、环境释放、生产性试验和申请领取安全证书五个阶段。其中，安全等级为Ⅲ、Ⅳ的实验研究和所有安全等级的中间试验实行报告制管理；环境释放、生产性试验和申请领取安全证书阶段实行审批制管理。

　　农业转基因生物安全管理办公室每年组织两次农业转基因生物安全评审。第一次受理申请的截止日期为每年的3月31日，第二次受理申请的截止日期为每年的9月30日。农业转基因生物安全管理办公室自收到申请之日起两个月内，做出受理或者不予受理的答复；在受理截止日期后三个月内农业部做出批复。

　　一、报告制管理程序

　　（一）拟从事安全等级为Ⅲ、Ⅳ级的实验研究和所有安全等级的中间试验的单位，应填写农业转基因生物安全评价报告书，并准备相应的技术资料。

　　（二）报告单位的农业转基因生物安全小组对本单位农业转基因生物安全评价报告书及技术资料进行技术审核，填写审核意见后，由报告单位报农业转基因生物安全管理办公室。

　　（三）农业转基因生物安全管理办公室进行初步审查、备案并向国家农业转基因生物安全委员会（简称安委会）报告、咨询，书面反馈意见。

　　（四）报告单位的农业转基因生物安全小组，每年12月31日前要向农业转基因生物安全管理办公室报告安全管理的执行情况。

　　二、审批管理程序

　　（一）拟申请环境释放、生产性试验和申请领取安全证书的单位，须填写农业转基因生物安全评价申报书，并准备相应的技术资料。

　　（二）申报单位的农业转基因生物安全小组对本单位农业转基因生物安全评价申报书及技术资料进行技术审查，填写审查意见，报实施所在省（市、自治区）农业行政主管部门审核。

　　（三）实施所在省（市、自治区）农业行政主管部门，自收到申请后的15个工作日内对农业转基因生物安全评价申报书进行登记和审核。主要审查试验地点基本情况是否真实，采取安全控制措施的可能性，并填写审核意见。

　　（四）申报单位向农业转基因生物安全管理办公室提出申请，农业转基因生物安全管理办公室自收到申请之日起两个月内做出受理或者不予受理的答复。

　　（五）农业部组织安委会进行安全评价。农业转基因生物安全审批书或安全证书由主管部长签发，抄送批准进行环境释放、生产性试验和安全证书使用的所在省（市、自治区）农业行政主管部门。

　　（六）申报单位在取得农业转基因生物安全证书后，才能依照有关法律法规的规定，办理转基因植物种子、种畜禽、水产苗种和利用农业转基因生物生产的或者含有农业转基因生物成份的种子、种畜禽、水产种苗、农药、兽药、肥料、添加剂等审定、登记、审批相关手续。

　　（七）生产、经营转基因植物种子、种畜禽、水产苗种，要分别取得农业部颁发的生产许可证和经营许可证，并定期向所在地县级人民政府农业行政主管部门提供有关生产、经营情况的报告。